数据库链接:
https://www.proteinatlas.org/
3
GeneCards
GeneCards是一个可搜索的综合数据库,提所有已注释的人类基因信息。该知识库以基因为中心自动整合来自大约150个数据库的数据,包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、遗传学、临床学等信息。
数据库链接:
https://www.genecards.org/
4
KEGG pathways
KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是从基因和分子网络的角度系统分析基因功能的在线数据库,在1995年5月,在人类基因组计划框架下由日本京都大学化学研究所Minoru Kanehisa发起的。其中,KEGG PATHWAY是KEGG数据库最主要的部分,包含大多已知的代谢通路图(metabolic pathways)和调控通路图(regulatory pathways)。
数据库链接:
https://www.genome.jp/kegg/
实操教程:《想了解KEGG数据库?一起来“考古”》
5
Wiki pathways
KEGG PATHWAY数据库是我们最熟悉的通路数据库,这里再分享一个功能类似的数据库,可以查找和下载目标物种的通路图。
数据库的链接:
https://www.wikipathways.org/index.php/WikiPathways
在Wiki pathways主页的Find Pathways区域,我们可以通过输入关键词(如通路名称、基因或蛋白名称、疾病名称等)查找感兴趣的通路图,比如这里输入Apoptosis(细胞凋亡)后点击Search按钮,查找得到的pathways的如下:
实操教程:《如何查找感兴趣的通路图?》
6
NCBI Gene
当我们在进行基因功能研究的时候,首先要查看这个基因的基本信息。上文介绍过使用GeneCards数据库可查找与人相关的基因信息。但如果想查找更多物种的基因功能信息,我这里推荐大家使用Gene数据库。
Gene数据库的使用方法很简单,我们只需在搜索框中输入基因相关的关键词,比如基因名(symbol),我这里输入BRCA1基因,然后点击Search按钮,得到的结果如下。
数据库链接:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/
实操教程:《如何查找感兴趣基因的信息?》
7
HGNC
HGNC(HUGO Gene Nomenclature Committee) 负责提供人类基因唯一的名称,包括蛋白质编码基因、ncRNA基因和假基因,以便科研人员进行明确的科学交流。
数据库链接:
https://www.genenames.org/
8
PDB
Protein Data Bank(PDB) 为存储蛋白质结构的数据库,提供蛋白的结构解析和功能注释。我们可以通过PDB查找蛋白的3D结构信息。
数据库链接:
https://www.rcsb.org/
9
UniProt
UniProt(Universal Protein Resource)是一个综合性的蛋白质数据库,提供了全球范围内已知的蛋白质序列和功能信息。其中,UniProtKB(UniProt Knowledgebase)是最核心的组成部分,包含了经过注释和分类的蛋白质序列和功能信息。它提供了详细的蛋白质注释,包括序列特征、结构域、功能、亚细胞定位、酶活性等。
数据库链接:
https://www.uniprot.org/
实操教程:
《听说画好看的进化树需要知道这2个数据库》
10
InterPro
InterPro是一个蛋白质家族的数据库,提供完整、准确的蛋白质家族和结构域的分类信息。主要通过对蛋白质进行分类以及预测结构域和重要位点,来提供蛋白质的功能分析,这对蛋白的功能研究非常有帮助。
数据库链接:
https://www.ebi.ac.uk/interpro/
11
BioGRID
BioGRID是一个基因相互作用的数据库,数据主要来源于文献挖掘,包括常规实验结果和高通量数据验证结果,使用它可以轻松完成基因互作关系的预测。
数据库链接:
https://thebiogrid.org/
实操教程:《分享一个基因蛋白互作数据库》
12
dbSNP
dbSNP(Single Nucleotide Polymorphism Database)存储了人类和其他物种的单核苷酸多态性数据,对研究遗传变异很有帮助。
数据库链接:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/
好啦,本次的实用数据库分享就先到这里啦!
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